O clã é dividido em duas partes: a família principal e a família secundária. Na família principal, apenas o primeiro filho(a) continua nela. O segundo, terceiro e os outros que possam vir farão parte da família secundária, cujo objetivo da família secundária é proteger a família principal. Para que eles não façam nada de errado, um selo é posto na cabeça deles quando pequenos.

Qualquer ação que o membro da principal perceba, com apenas um selo de mão ele pode faz o membro da secundária ter uma forte dor de cabeça, podendo matá-lo. Outro uso do selo é selar todos os conhecimentos do Byakugan quando a pessoa morre, para evitar que saia da família.

Hyuuga Hiashi e suas duas filhas Hyuuga Hinata e Hyuuga Hanabi são da família principal, enquanto Hyuuga Neji e seu pai Hyuuga Hizashi são da secundária. Hiashi e Hizashi são irmãos gêmeos, mas Hiashi foi para a principal por nascer primeiro. Mesmo assim, o gênio do clã nasceu na família secundária, o que deixa Hiashi numa posição difícil.